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一、两者设置目标不同
1.中医诊所,是指在中医药理论指导下，运用中药和针灸、拔罐、推拿等非药物疗法开展诊疗服务，以及中药调剂、汤剂煎煮等中药药事服务的诊所，中医药治疗率100%。
2.
中医（综合）诊所,是指以提供中医药门诊诊断和治疗为主的诊所，中医药治疗率不低于85%。限于中医科、中西医结合科、民族医学科。配备中医（专长）医师的，应在诊疗科目下明确中医（专长）医师的执业范围。
二、开办诊所设置的标准不同
1.中医诊所,依据《中医诊所基本标准》设置。
2.中医（综合）诊所, 依据《中医（综合）诊所基本标准》设置。
三、诊所主要负责人资质不同
1.中医诊所,主要负责人为具有中医类别《医师资格证书》并经注册后在医疗、预防、保健机构中执业满3年，或具有《中医（专长）医师资格证书》，经注册依法执业，身体健康。
2.中医（综合）诊所,主要负责人须取得中医类别执业医师资格，经注册后在医疗卫生机构中执业满5年，身体健康，能够胜任相关工作。
三、房屋布局不同
1.中医诊所，要求房屋相对独立；诊疗区域布局合理，符合卫生学布局与流程；至少设置候诊区、就诊区；面积满足功能需要，并应当根据开展的诊疗范围不同具备下列条件：a.
开展中药饮片和中成药调剂服务的，服务区域应当相对独立；b. 开展中医非药物疗法的，应当设置独立的治疗室。
2.中医（综合）诊所，诊所的使用面积和建筑布局应满足诊疗科目医疗需求，并符合医疗机构相关感染防控管理要求。
四、其他人员和设备要求不同
1.中医诊所，开展中药饮片调剂活动的，至少有1名具备资质的中药技术人员。基本设备：诊桌、诊椅、脉枕、紫外线消毒设备、污物桶等；有与开展诊疗范围相适应的其他设备（包括中医诊疗设备）。
2.中医（综合）诊所，开展中药饮片调剂活动的，至少有1名中药专业技术人员。设医技科室的，每医技室至少有1名相应专业的卫生技术人员。基本设备：诊桌、诊椅、诊察床/诊察凳、方盘、纱布罐、脉枕、听诊器、血压计、体温计、压舌板、药品柜、高压灭菌设备、处置台、污物桶、紫外线消毒设备等。有与开展诊疗范围相适应的其他设备（包括中医诊疗设备）和必要的急救设备。其中，临床检验、医学影像、心电、病理、消毒供应等与其他医疗机构签订相关服务协议，由其他机构提供服务的，可不配备相关设备。
五、各项规章制度不同
1.中医诊所，有各项规章制度、人员岗位责任制，有国家制定或认可的医疗技术操作规程，并成册可用。制定感染控制制度和流程，中医药技术操作符合中医医疗技术相关性感染预防与控制等有关规定。
2.中医（综合）诊所，具有国家统一规定的各项规章制度和技术操作规范，制定诊所人员岗位职责。
六、诊疗项目不同
1.中医诊所，中医药治疗率100%。中医诊所不得提供西医西药服务。
2.中医（综合）诊所，中医药治疗率不低于85%。可以适当的提供西医西药服务。
七、法律法规调整不同
1.中医诊所，由《中华人民共和国中医药法》、《中医诊所备案管理暂行办法》等法律法规调整。
2.中医（综合）诊所，《医疗机构管理条例》、《中华人民共和国执业医师法》、《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》等法律法规调整。
八、行政处罚适用法律不同
（一）中医诊所
1.若设置者具有申办备案中医诊所资质（具有中医类别《医师资格证书》并经注册后在医疗、预防、保健机构中执业满三年，或者具有《中医（专长）医师资格证书》）且无证机构只开展中医服务的，适用《中华人民共和国中医药法》五十六条处罚。
2.其它不具备申办备案中医诊所资质人员设置的无证机构开展单纯中医类诊疗活动的，适用《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》九十九条处罚。
3．任何人员设置的无证机构开展诊疗活动中包括有西医类医疗服务的，适用《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》九十九条处罚。
（二）中医（综合）诊所
1．具有通过备案设置诊所医师资质+设置类似诊所规模无证行医场所
如果符合法定条件人员可以通过备案而没有备案开展诊疗活动，应当依据《医疗机构管理条例》第四十三条第二款处罚，并下达监督意见书要求立即改正，及时办理备案手续后方可开展诊疗活动；拒不改正的，予以责令停止执业的行政处罚。
2．不具有通过备案设置诊所医师资质或设置了非诊所规模无证行医场所
a.医师：未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业，违反《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》第三十八条，依据《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》第九十九条进行处罚。
b.非医师：因《中华人民共和国医师法》五十九条为“处违法所得二倍以上十倍以下的罚款”，而《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》九十九条为“并处违法所得五倍以上二十倍以下的罚款”，依据《中华人民共和国行政处罚法》第二十九条
“同一个违法行为违反多个法律规范应当给予罚款处罚的，按照罚款数额高的规定处罚。”之规定，应适用《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》九十九条择重处罚。
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